Вот "материнский" проект:

(если нажать на стрелочки, то выпадет больше объектов)
вот "дочерний" проект, куда всё переносится:

это касается не только классического ctrl + c и ctrl + v, но еще и file > append
выделяю объект > правой кнопкой мыши > select hierarchy > ctrl + c > ctrl + v в другом проекте > результат такой же
возможно я нашёл причину. Эта моделька взята из аддона mcprer. Этот аддон добавляет модельки персонажей из игры майнкрафт, предметы и др. видимо, он криво добавляет модель и поэтому она так копируется.